En la Magdalena, cantón Chimbo en el año 1708 vivía una joven indígena llamada Luz María Chela, quien tenía el encargo de pastar los animales de la familia y para que pudieran tomar agua daba la vuelta por la quebrada llamada en quichua Guayco y mientras cumplía con esta tarea buscaba recordar las oraciones que había aprendido con los Misioneros Franciscanos. Estando en el Guayco empezó a acompañarle una linda Señora que le ayudaba a rezar y a recordar las enseñanzas recibidas por los misioneros. En esto pasaba el tiempo y cada vez se retrasaba en llegar a la casa, razón por la cual la mamá sospechaba que se entretuviera en otras cosas y un día enfurecida por los continuos retrasos de la hija, la golpeo muy fuerte causándole heridas profundas en la cabeza. Apenas se libró Luz María de los golpes regresó al Guayco donde había estado conversando con la Señora, quien le dijo de lavarse las heridas con el agua de la quebrada y se curó instantáneamente. Al regresar a su casa sanada de las heridas, hay la admiración de la familia, los cuales le preguntan que había pasado, diciendo que la Señora del Guayco, su amiga la había curado. La mamá no creyendo esto y pensando más bien que era brujería la llevó ante el Párroco y ante su insistencia relata los encuentros con la Señora y el milagro recibido, convenciéndose el Sacerdote que era un milagro; al mismo tiempo Luz María le comunica la voluntad de la Virgen de ser honrada en éste lugar recordando su nacimiento, es por esto que hasta la actualidad la veneramos con el nombre de María Natividad del Guayco o Mama Nati.
El Obispo de Quito, Dr. Pedro Ponce Carrasco autorizó al párroco de la Magdalena para que en el Guayco se honrara a la Virgen con el Título de Nuestra Señora María Natividad del Guayco, inmediatamente se construyó una pequeña Capilla con una Cruz recordando el milagro e iniciándose así la devoción a Mama Nati.
En 1771 el Corregidor de Chimbo Don Fernando Antonio de Echeandia enfermó muy gravemente, su esposa Doña Bárbara que era muy devota a Mamita Virgen lo hizo llevar al Guayco y al bañarlo con el agua de la quebrada Don Fernando sanó totalmente y en acción de gracia por el milagro recibido hizo construir una capilla sobre un arco de piedra bajo del cual pasaba el río.
Con la curación del Corregidor la devoción fue creciendo y empezaron las peregrinaciones y celebraciones de fiesta y al sobre abundar el trago por orden del Obispo de Riobamba los Misioneros Franciscanos suspendieron la celebración de las Fiestas del Guayco durante varios años.
En 1944 el párroco de la Magdalena, Mons. Villagómez viendo que la capilla del Guayco estaba bastante destruida buscó colaboraciones y organizó mingas para arreglarla y ampliarla.
El actual Santuario es obra de un gran devoto de la Virgen, Mons. Cándido Rada, primer Obispo de la Diócesis de Guaranda. Mons. Rada estaba perdiendo la voz a causa de pólipos a las cuerdas bucales, los doctores le dijeron que era imposible que sanara, y el recurrió a la Virgen para que le cure y así poder seguir cumpliendo con su misión. Mamita Virgen escuchó su oración y le curó; en agradecimiento al milagro recibido le ofrece construir el Santuario en el Guayco.
En el año 1980 al cumplir los 75 años de edad deja de ser Obispo de Guaranda y pide a la Virgen que le conceda 5 años más de vida para poder cumplir con su ofrecimiento y como Mamita Virgen es generosa con sus devotos le concede 15 años de vida y es así que en ese tiempo Mons. Rada construye el Santuario, la Capilla, la Casa Comunitaria, la plaza con sus corredores cubiertos, la Gruta de la Virgen, la Gruta de la Resurrección, los Museos, la Biblioteca, los Salones, las Hospederías y en la loma, la Cruz.
Podemos preguntarnos ¿Porqué la Cruz, el Vía Crucis y la Gruta de la Resurrección en un Santuario de la Virgen? La razón es muy sencilla, para Mons. Cándido Rada una verdadera devoción de la Virgen debe llevarnos a Cristo porque él es el Salvador.
